Kəlbəcər ən qədim insan məskənlərindən biridir. Bu ərazidə ibtidai insanın təşəkkül tapması və formalaşması dördüncü geoloji dövrlə bağlıdır. 

Kəlbəcər 1993-cü ilin aprel ayının 2-dən Ermənistan ordusunun işğalı altındadır.

Dağlıq Qarabağ ərazisindən kənarda yerləşən Kəlbəcər rayonunun Ermənistan Silahlı Qüvvələri tərəfindən işğal edilməsi nəticəsində dinc əhaliyə vəhşicəsinə divan tutulub, yerli əhali min illər boyu yaşadığı ata-baba torpağından qovularaq didərgin salınıb.

Kəlbəcər rayon təhsil şöbəsi rayonun işğalından sonra Gəncə şəhəri Gülüstan qəsəbəsi Azərbaycan Dövlət Aqrar Universitetinin 6 saylı yataqxanasında yerləşməklə öz fəaliyyətini davam etdirir.